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一个快速绘制热图的在线工具

发布时间:2020-01-10 00:18 编辑: 来源:

为了争夺“5G”,美国接连针对中国通信公司。去年4月16日,美国商务部公布对中兴制裁,折腾了4个多月,交了14亿美元保护费后才罢手。接着,开始着手搞华为,最近两天,谷歌暂停支持华为部分☑业务……



其实,OmicShare最近也在持续经受网络攻击,导致很多用户都不能正常访问OmicSahre论坛。针对幕后黑手,我想说有这▬时间和精力为什么不提高自己的业务能力,选择要走邪路呢?只会窝里横,有本事搞美国企业去?

言归正传,今天给大家介绍一个简单易上手的在线热图绘制工◥具,它是▌OmicShare tools中最受欢迎的工具,卌上线不到两年,目前已有近100多篇SCI文章引用。

工具网址:httΘp┆┇://www▊.omicshare.com/tools/

表达量热图绘制

λ

数据准备

先把数据准备好,数据可以是gene的表达量数Ц据、物种的丰度数据等。你可以对表格做些自定义筛选和整理,也可以直接使用结题Ⅴ报告给的表达量总表︼︽︾而不做整理。这里的范例数据是用Excel 整理的9个样本、30〣个gene(表达量TOP30)的表达量表格。

注意,最后把Excel中整理好的文件另存为“制表符分隔的”txt文件,如下图,OmicShare和几乎所有的生信∮在线工具一样不支持Excel格式。另外表格中不要出现中文、空格、特殊〡符号比如()、?、*、[ ]、$等等。


参数设置


接下来将表达量数据上传到我的数据,方法如下:


○ Ё ¨ ◎


在我的软↖件中找到“热图”工ぁ具,如下图,然后进入工具♀页面。

任务编号会۞随机生Ъ成,点绿色的选择文件按钮,选ↁ择刚才上传到云端的表达量表格。当←然─━你可以直接点浏览本地文件按钮,用本地文件做分析,只不过每次用ↈ该数据分析时都需要上传一遍。



数据选择,这里选1▣▤▥-★10列(所有列,包括行名),使用前31行(包括列名)数据作图;数据按行做归♂一化,并对行和列经行聚类;然后自定颜色为“蓝白黄”渐变;热图格子的长度和高度☠,这里不填写,默认为自适应画布☼,最后,将格子的“边框(边界)”设为显示。


⊿ ▅▆ ┑


点击蓝色的提交按钮,会自动跳转到我的任务页面,大约10多秒左右刷新任务即可,然后下载作图结果。文件预览按钮仅仅用作▶查看作图是否成功,图表比例可能被拉伸,最终的绘图№效果以下载ξ文件结果为准。若没有图,可点运行信息按钮查看报з错信息。


绘制效果如下:

相关性热图绘制

▋ ┚


∪├

下载结果


刷新任务后,下载作图结●果,最终效果如下:



这是Omicshare tools系列教程介绍的ξ第三个工具,对GO和KEGG富集分析感兴趣也可查看这篇《如何轻松完Ⅸ成GO∵、KEGG富集分析》。今天的内≈容就到这里啦~


本文永久链接:http://www.wnjwkl.icu/detail/u/1758362.shtml
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